Zalesie to dawna wieś rycerska. Pierwsza wzmianka pochodzi z 1343 roku: komtur tucholski Ditrich von Lichtenhein przekazał wtedy braciom Piotrowi i Stymirowi Zalesie oraz Sumin i Zamarte. Od końca wojny trzynastoletniej była to wieś szlachecka. Od 1718 roku należała do rodziny Jezierskich, a w 1774 roku razem z przyległościami przeszła na Pawłowskiego herbu „Godzięba”.
Piaszczysta, mało urodzajna gleba sprawiała, że majątek często przechodził z rąk do rąk. W 1856 roku odzyskał go spadkobierca Wincenty Pawłowski, którego żoną była Urszula Janta-Połczyńska, córka Józefa. Następnie dobra należały do Teodora Dembińskiego, który przekazał je synowi Wincentemu, agitatorowi w czasie powstania styczniowego. W 1885 roku kupił je Rogoziński z Poznania, a w 1886 roku Emil Salomon, który chciał je rozparcelować, tak by ziemia trafiła do Polaków.
W 1921 roku Zalesie należało do Okierska i liczyło 240 mieszkańców, Polaków i katolików. Między wojnami był tu sklep kolonialny z obszerną salą, w której mieszkańcy spotykali się i urządzali zabawy, a także 3 cegielnie, 7 zakładów rzemieślniczych, 2 zespoły muzyczne oraz straż pożarna z remizą. W czasie II wojny światowej mieszkańcy pomagali podziemiu, przede wszystkim oddziałowi „Jedliny-102”, którym dowodził Stefan Guss ps. „Dan”, przed wojną kierownik szkoły w Okiersku. Za tę pomoc Niemcy zamordowali 17 listopada 1944 roku sześcioosobową rodzinę Słomińskich.
We wsi zachowały się zabudowania z końca XIX wieku. Z Zalesiem był związany Wiesław Gierłowski (1925-2016), rzeczoznawca i konserwator zajmujący się bursztynnictwem; z jego pracowni wyszło wiele kolekcji, które trafiły do muzeów i galerii na całym świecie.
