Pierwsza wzmianka o Cekcynie pochodzi z 1296 roku. W 1346 roku wieś weszła do dóbr krzyżackich, a w 1379 roku komtur tucholski Henryk von Bullendorf lokował ją na prawie chełmińskim. Po 1454 roku należała do starostwa tucholskiego. Druga wojna szwedzka pozostawiła ją mocno podupadłą, a w 1783 roku przeszła przez nią epidemia cholery.
W 1687 roku przy kościele założono szkołę; świątynia była wtedy filią kościoła w Bysławiu. Tam, gdzie stał drewniany kościół z 1597 roku, w latach 1869-1870 wzniesiono w stylu neogotyckim murowany kościół parafialny pw. Podwyższenia Krzyża Świętego. Polichromię wykonano w nim w 1912 roku. W tym samym okresie powstała we wsi biblioteka TCL, a swoją działalność prowadziły Towarzystwo Ludowe i Towarzystwo Oświaty Ludowej.
Na początku XX wieku w Cekcynie pracowały tartak, mleczarnia, cegielnia, młyn i dwa wiatraki, były też dwie piekarnie, trzy sklepy i warsztaty różnych rzemiosł. W dwudziestoleciu międzywojennym działały dwa tartaki, dwa młyny, mleczarnia i 34 zakłady rzemieślnicze, a we wsi działało wiele organizacji politycznych, społecznych i kulturalnych.
W czasie okupacji polskie mienie przejęli okupanci, a miejscowi rzemieślnicy i działacze społeczni trafiali do aresztu, do więzień albo do obozu koncentracyjnego. Po wojnie doprowadzono do wsi prąd, zbudowano wodociąg i utwardzono drogi dojazdowe.
