W 1632 roku inwentarz starostwa tucholskiego notował tu osadę smolarzy z 3 piecami. Smołę, węgiel i dziegieć wytwarzano tu do schyłku XVIII wieku. W 1772 roku wieś miała 5 gospodarstw i warsztat krawiecki, a w 1865 roku 10 gospodarzy, karczmę i szkołę. W 1885 roku mieszkało tu 81 katolików, 66 ewangelików i 1 osoba wyznania mojżeszowego.
Na początku XX wieku mieszkańcom zaczęło się lepiej powodzić: za pieniądze zarobione na robotach sezonowych kupowali działki z parcelowanych majątków i stawiali nowe domy. Potem przyszły wojna oraz epidemie ospy, tyfusu i grypy „hiszpanki”. W pierwszym spisie, w 1921 roku, naliczono 257 osób: 129 kobiet i 128 mężczyzn. Pod koniec lat dwudziestych wieś sprzedała jezioro, a za uzyskane pieniądze kupiła budynek na szkołę. Poza uprawą roli ludzie utrzymywali się ze zbieractwa i sezonowej pracy w lesie, a na roboty jeździli głównie na Żuławy.
Jako pierwszego okupanci zabili nauczyciela Sylwestra Szarkowskiego, którego rozstrzelano w Rudzkim Moście. W 1944 roku za współdziałanie z partyzantami zamordowano Władysława Zawiszę. Zginął też Jan Ciemiński, który ukrywał się, by nie trafić do armii niemieckiej. Wieś odzyskała wolność 14 lutego 1945 roku, po tym, jak Niemcy ostrzelali radzieckie czołgi. Na ścianie ponownie otwartej szkoły odsłonięto tablicę pamięci Sylwestra Szarkowskiego.
Z czasem Krzywogoniec stał się miejscowością wypoczynkową. Od 1981 roku na działkach rekreacyjnych powstawały domki letniskowe. W 2005 roku utworzono tu „Wioskę Grzybową”.
