W czasach krzyżackich Trzebciny były wsią rycerską w komturstwie tucholskim. W 1565 roku istniał tu folwark Wawrzyńca Sicińskiego. Na początku XIX wieku przez wieś biegł trakt z Berlina do Królewca i Petersburga, a w Trzebcinach działała poczthalteria, w której zmieniano konie pocztowe.
Właściciele zmieniali się tu często. W latach osiemdziesiątych XIX wieku wieś wraz z okolicznymi lasami przeszła na własność Niemca Fanzlaua. Zmeliorował on grunty i uzyskał żyzne łąki, rozbudował zabudowania gospodarcze, hodował bydło i owce, otworzył kopalnię torfu. Postawił też jednoizbową szkołę z mieszkaniem dla nauczyciela i założył cmentarze ewangelicki i katolicki. Epidemia cholery w 1901 roku dotknęła rodzinę dziedzica; po tej stracie Fanzlau przeniósł się do Niemiec, część ziemi rozparcelował, a pozostałe grunty obsadził lasem i odsprzedał dyrekcji lasów. Dwór i zabudowania rozebrano, oficynę zamieniono na leśniczówkę, a po I wojnie światowej mieściło się w niej nadleśnictwo państwowe.
Do czasu budowy kościoła w Zdrojach katolicy z Trzebcin należeli do parafii w Śliwicach. Spis z 1921 roku odnotował we wsi 185 katolików, 31 ewangelików i 4 osoby wyznania mojżeszowego. W czasie okupacji w leśniczówce kwaterowało Jagdkommando, biorące udział w akcjach przeciw partyzantom, a w szkole oddziały pomocnicze poligonu „Heidekraut”.
W skład sołectwa Trzebciny wchodzi też Wielkie Gacno, leżące tam, gdzie droga z Tucholi do Tlenia krzyżuje się z drogą z Cekcyna do Śliwic. W czasie okupacji na tym terenie działał oddział partyzancki „Jedliny-102” i operowały desanty zwiadowcze II Frontu Białoruskiego. Trąba powietrzna, która 14 lipca 2012 roku przeszła przez lasy Nadleśnictwa Trzebciny, zniszczyła 550 ha drzewostanu; teren uprzątnięto i obsadzono różnymi gatunkami drzew. W sołectwie zachowały się 3 drewniane domy z połowy XIX wieku.
