Wczesnośredniowieczne początki osady potwierdzają grodziska odkryte na okolicznych łąkach. W 1361 roku Winrich von Kniprode, wielki mistrz krzyżacki, przekazał istniejącą już wieś Mikołajowi z Kęsowa i od tego zapisu zaczyna się jej udokumentowana historia. Po 1466 roku była to własność rycerska złożona z dwóch części: wsi chłopskiej i folwarku Kęsówko. Właścicielami w 1570 roku byli Krzysztof Szukowski, Maciej Grabowski, Jakub Siciński, Jan Linowski i Kęsowscy, a w 1730 roku Kęsówko miało za właściciela Melchiora Stolińskiego.
Od 1772 roku wieś leżała w zaborze pruskim. Germanizacja polegała tu na sprowadzaniu niemieckich osadników i powiększaniu niemieckiej własności. Majątkiem władała rodzina Wehr, a w połowie XIX wieku powstały dwór i zabudowania gospodarcze. Po parcelacji ziemię dostało 86 osadników, Eliza Wehr zachowała dwór i 107 ha. W 1902 roku założono Spółkę Wodną „Kęsowo”, w 1914 roku gorzelnię. Mieszkało tu 136 katolików z parafii Jeleńcz oraz 66 ewangelików, mających od 1913 roku własny zbór. Po II wojnie światowej katolicy przejęli go na potrzeby kultu.
W latach 1920-1939 pracowały nadal spółka wodna i gorzelnia, działały też kółko rolnicze, straż pożarna i dwuklasowa szkoła zbudowana w 1912 roku. W 1937 roku niemieccy dywersanci ćwiczyli w zabudowaniach kęsowskiego dworu. Sąd skazał uczestników tych ćwiczeń oraz siostry Wehr, do których należał dwór, na kary od 6 miesięcy do 2 lat więzienia. We wrześniu 1939 roku Niemcy zaczęli aresztować Polaków, przeprowadzać masowe egzekucje i wysiedlać rodziny z gospodarstw, które przekazywali Niemcom z Besarabii.
Po wojnie w porzuconych przez Niemców gospodarstwach osiedlili się ludzie z centralnej Polski i z ziem wschodnich wcielonych do ZSRR. Kęsowo należało do pierwszych miejscowości powiatu, w których pojawiły się prąd, autobus i poczta. Upaństwowiony pałac służył kolejno szkole rolniczej, przedszkolu i Gminnej Straży.
