Drożdzienica pojawia się w źródłach już w 1288 roku, co stawia ją wśród najstarszych wsi powiatu tucholskiego. Z czasów krzyżackich pochodzi data 1432, związana z chorążym tucholskim o imieniu Staszko, który wywodził się z tej wsi. Po 1466 roku wieś wchodziła w skład majątków trzech właścicieli: Żalińskich herbu Poraj, Drapowskich herbu Leliwa i J. Oborskiego. Około 1682 roku, już po drugiej wojnie polsko-szwedzkiej, stały tu karczma i młyn o jednym kole.
W 1865 roku do szkoły chodziło 85 dzieci. W 1895 roku założono mleczarnię, wydobywano też torf i żwir, a pracowały dwie cegielnie. Przed I wojną światową mieszkańcy korzystali z kasy Raiffeisena, rzemieślnicy mieli 14 warsztatów, a w budynku, w którym później urządzono szkołę, działała gospoda „Pod Czarnym Orłem”.
W okresie międzywojennym szkoła miała 143 uczniów, istniały Towarzystwo Śpiewu „Moniuszko” i straż pożarna. Aktywna była też mniejszość niemiecka, zrzeszona w kilku organizacjach, w tym w liczącym 36 członków Niemieckim Związku Rolników. Latem 1939 roku zaczęto budować umocnienia graniczne ciągnące się od Obrowa do Drożdzienicy.
Po wojnie odbudowano zniszczone gospodarstwa, założono kółko rolnicze, uruchomiono komunikację autobusową, otwarto szkołę i zorganizowano opiekę nad dziećmi w wieku przedszkolnym. Na początku działały biblioteka, świetlica i Klub „Ruchu”, a w 1968 roku powstał Wiejski Dom Kultury.