Najwyższy punkt, 150 m n.p.m., leży przy drodze do Wilkowa. Wielka Klonia pojawia się w źródłach w 1360 roku, a jej właścicielem był wtedy rycerz Wojsław Kluna. Była gniazdem rodowym Kłonickich herbu Niezgoda, a w czasach krzyżackich leżała w pobliżu granicy z państwem zakonnym. W 1565 roku były tu karczma i jednokołowy młyn.
W pierwszej połowie XVII wieku wieś należała do Reinholda i Jana Heidensteinów. Reinhold, historyk i współpracownik kanclerza Jana Zamoyskiego, otrzymał ją od Zygmunta III w wieczystą dzierżawę, a po jego śmierci w 1620 roku zarządzała nią wdowa, Teresa z Konarzyn Konarska. Później dzierżawcami byli Samson Garczyński, chorąży chełmiński (od 1653 roku), i Kossowski, a w 1773 roku dobra z młynem przejął Andrzej Konrad Gostomski, podkomorzy malborski.
Od 1800 roku do majątku należały folwarki Karczewo z młynem i Smolnik. Ponownie objęli go Kossowscy, w tym Hiacynt Ferdynand, działacz narodowy i uczestnik powstania listopadowego. Pruska polityka sprawiła, że dobra przeszły na Niemców: Fryderyka Hillera, Rudolfa von Gartingena i Reinholda Hermanna. W 1903 roku Wielka Klonia z Karczewem miała 1494,9 ha. Komisja Kolonizacyjna wykupiła część gruntów i rozdzieliła je między 98 osadników. Ostatni dzierżawca nazywał się Hubert Schweinitz, a w 1922 roku cały majątek przejęło państwo.
Kościół wzmiankowano w 1511 roku; pierwotnie jako filia podlegał parafiom w Zalesiu i Pruszczu. W 1665 roku zbudowano nowy, z muru pruskiego, z trzema ołtarzami i organami. Kolejny kościół, pod wezwaniem Najświętszej Maryi Panny, konsekrowano we wrześniu 1984 roku. We wrześniu 1939 roku doszło tu do potyczki wojsk polskich z niemieckimi, a na cmentarzu jest mogiła poległych polskich żołnierzy. Dwór z parkiem, tworzące zespół z drugiej połowy XIX wieku, figurują w rejestrze zabytków pod numerem 162/A z 15 stycznia 1985 roku.
