Pruszcz wzmiankowano w 1368 roku. Granica między Polską a Zakonem biegła rzeczką Kamionką, a wieś leżała po stronie polskiej; w średniowieczu należała do rycerskich dóbr Kamienicy. Na przełomie XVI i XVII wieku była w rękach spadkobierców Władysława Witosławskiego, żyło w niej czterech rzemieślników, pracowały dwukołowy młyn i karczma. Wieś ucierpiała w pożarze w 1620 roku oraz od przemarszów wojsk i grabieży w czasie drugiej wojny polsko-szwedzkiej.
Szkołę wymieniono po raz pierwszy w 1653 roku. Przed rozbiorami Pruszcz należał do zamożniejszych wsi gburskich na Pomorzu; był własnością starosty białoborskiego Franciszka Wejhera i miał młyn, karczmę oraz kuźnię. Pierwszy kościół, drewniany, spłonął, a dwa następne również zbudowano z drewna. W 1921 roku ogień objął prawie całą wieś i zniszczył kościół, domy, budynki gospodarcze szkoły i gospodarstw oraz inwentarz żywy. Odbudowany kościół pod wezwaniem Narodzenia Najświętszej Maryi Panny konsekrowano w 1928 roku.
Na początku XX wieku Pruszcz zyskał stację węzłową Pruszcz-Bagienica. Krzyżowały się na niej dwie linie: ze Świecia przez Terespol Pomorski i Więcbork do Złotowa, otwarta latem 1906 roku, oraz z Tucholi do Koronowa, otwarta w 1914 roku. W połowie września 1996 roku stację zamknięto dla ruchu pasażerskiego i towarowego. Pruszcz został jedną z wiosek tematycznych powiatu tucholskiego jako „Wioska Kolejarska”.
Obok kościoła leży stary cmentarz otoczony murem z kamienia i cegły, z zachowanym układem drzew i figurą Chrystusa na cokole. Inny cmentarz, we wschodniej części wsi, rozplanowano wzdłuż środkowej alei biegnącej od wejścia do krzyża.
