Mała Klonia pojawia się w zapisie z 1520 roku, w którym wymieniono ją wśród dóbr rycerskich i chłopskich. W 1618 roku gospodarowali tu Przepałkowscy i Ostromęcki, a później poszczególne części wsi należały do Wejhera, Wałdowskiego i Chrąstowskiego. Działały tu karczma i kuźnia. Od 1781 roku właścicielem był Carl Pruszczyński, a w 1791 roku Aubracht-Prądzyński.
W 1865 roku wieś podzielono na trzy majątki i sprzedano niemieckim kolonistom. Stoją tu trzy dwory. Pierwszy, z około 1860 roku, znajduje się w centrum. Drugi, wznoszony etapami, leży na południu wsi, przy drodze prowadzącej do stacji Mała Klonia, a trzeci tam, gdzie krzyżują się drogi do Wilkowa, Kamienicy i Wielkiej Kloni.
W 1865 roku w miejscowej szkole uczył jeden nauczyciel. Między wojnami we wsi pracowało 5 warsztatów rzemieślniczych. Po II wojnie światowej wszystkie majątki znacjonalizowano, a dwory z czasem zamieniono na mieszkania.
