W czasach krzyżackich była to osada rycerska, odnotowana po raz pierwszy w 1343 roku. Lustracja z 1570 roku wykazała 29 włók, z czego 28 folwarcznych, a dziedzicem był wtedy Jan Borowski herbu Ogończyk. W 1682 roku majątek miał dwóch użytkowników o nazwiskach Wełpiński i Kowalkowski. Wełpin był wsią szlachecką i liczył 11 domów.
Od 1895 roku dziedzicem był Rogowski, a następnie majątek należał do starosty tucholskiego dr. Jana Bartza i Marii Bartz. W 1936 roku rozparcelowano 230 ha. W tym samym czasie zaczęto budować drogę z Bysławia do Cekcyna, przy której zatrudniono 32 robotników. We wsi były dwie kuźnie, w tym jedna z prawem podkuwania koni. Po II wojnie światowej Wełpin zelektryfikowano, ukończono drogę i zbudowano remizę strażacką.
We wsi stoją dwa drewniane domy, zabytkowe przykłady regionalnego budownictwa. W 2000 roku wzniesiono tu niewielki kościół pw. św. Floriana, podlegający parafii w Bysławiu.
