Około 1400 roku wieś należała do rycerstwa, a od 1466 roku do szlachty. W 1570 roku przeszła w ręce Żalińskich, do których należał też Bysławek. Kiedy dziedziczka Zofia wstąpiła do klasztoru, rodzina oddała swoje dobra zakonowi i od 1602 roku Minikowo należało do benedyktynek z Chełmna.
Pod koniec XIX wieku we wsi istniała szkoła, a w 1917 roku założono spółkę wodną. Między wojnami działało we wsi kilka warsztatów rzemieślniczych, a także TCL, koło Rodziny Rezerwistów, Związek Powstańców i Wojaków oraz straż pożarna. Elektryczność doprowadzono do Minikowa po II wojnie światowej.
