Wieś istniała już w czasach krzyżackich. Najstarsza znana data to 1349 rok, gdy wieś wchodziła w skład dóbr komturstwa świeckiego. W Rzeczypospolitej szlacheckiej wieś i folwark należały do starostwa jasinieckiego. W latach poprzedzających drugą wojnę polsko-szwedzką mieszkało w Klonowie 12 gburów, jeden piechur wybraniecki, zdun i szewc, była też karczma. W połowie XVIII wieku we wsi działała szkoła.
Polska działalność kulturalna rozwinęła się dopiero pod koniec XIX wieku, kiedy założono bibliotekę TCL. W 1906 roku otwarto linię kolejową z Terespola do Złotowa ze stacją Klonowo nad Brdą. Między wojnami istniały kółko rolnicze, Kasa Stefczyka, Związek Powstańców i Wojaków oraz koło Rodzin Rezerwistów, pracowało 8 rzemieślników, a w szkole uczyło dwóch nauczycieli.
We wrześniu 1939 roku w rejonie Klonowa trwały walki obronne. Zginęło w nich około 100 polskich żołnierzy, pochowanych razem w jednej mogile na krańcu wsi. Po wojnie Klonowo zelektryfikowano, wznowiły działalność kółko rolnicze i straż pożarna, rozbudowano szkołę, utwardzono drogi i uruchomiono komunikację autobusową. Zachował się zabytkowy zespół budynków dworca kolejowego z początku XX wieku.
