Najstarsza wzmianka o Kiełpinie pochodzi z 1313 roku. W połowie XIV wieku wieś stała się własnością Zakonu, a po 1466 roku wsią królewską. Około 1601 roku wnosiła do starostwa tucholskiego znaczne opłaty w denarach, florenach i w naturze. Druga wojna polsko-szwedzka obróciła ją w zgliszcza. W 1765 roku starosta Jerzy Wilhelm Goltz, rezygnując z Bladowa i Koślinki, nabył Kiełpin z karczmą oraz pobliskie Wymysłowo.
Pod zaborem pruskim wieś była ośrodkiem pracy u podstaw: działały tu szkoła, biblioteka Towarzystwa Czytelni Ludowych, ochotnicza straż pożarna i kilka stowarzyszeń. Przed 1914 rokiem Kiełpin miał dwa sklepy i kilka warsztatów rzemieślniczych. W okresie międzywojennym życie wsi współtworzyły rodziny Glazów, Gulgowskich, Mięsikowskich i Spitzów. W 1965 roku zbudowano nową szkołę, tak zwaną tysiąclatkę. We wsi stoi kościół oraz obelisk postawiony na 700-lecie Kiełpina.
W 1845 roku urodził się tu ks. Stanisław Kujot, badacz dziejów Pomorza i etnograf. Wykładał w pelplińskim Seminarium Duchownym, przewodniczył Towarzystwu Naukowemu w Toruniu, należał do wielu towarzystw, a Uniwersytet Jagielloński nadał mu doktorat honoris causa.
