Wieś bywa nazywana Okoninami Polskimi. Zasiedlenie tutejszego pustkowia nastąpiło w pierwszej połowie XVIII wieku. W 1875 roku wieś włączono do utworzonego wtedy powiatu tucholskiego. Pod zaborem pruskim i między wojnami mieszkańcy jeździli do prac sezonowych w Niemczech.
Kierownik szkoły Maksymilian Wysocki zginął 3 listopada 1939 roku podczas zbiorowej egzekucji w Bralewnicy. Upamiętnia go tablica na budynku dawnej szkoły. We wrześniu 1944 roku we wsi wylądował polsko-radziecki desant „Dziewięciu z Nieba”. Jagdkommando rozstrzelało 4 grudnia 1944 roku w lesie koło osady Cecylię Kamińską. W 1946 roku w okolicy Okonin i leśniczówki Jeziorna działały oddziały 5 Brygady Wileńskiej majora Zygmunta Szendzielarza ps. „Łupaszka”.
Kościół filialny pw. św. Huberta zbudowano w 1988 roku z inicjatywy ks. Erharda Staniszewskiego. Jego wystrój nawiązuje do łowiectwa i lasu.
