Archeolodzy znaleźli tu wiele obozowisk z epoki kamienia, przeważnie z mezolitu. Leżały nad Brdą i południowym brzegiem jeziora Kosobudno, nad jeziorem Trzemeszno oraz przy małych jeziorkach na południowy wschód od rzeki, m.in. przy jeziorze Rytosice. Najdawniejsze ślady człowieka, z paleolitu schyłkowego, pochodzą znad Trzemeszna. Na zachodnim brzegu Brdy odkryto też pozostałości cmentarzyska z wczesnej epoki żelaza.
Badania archeologiczne pozwalają przypuszczać, że w średniowieczu osada mogła być strażnicą przy szlaku z północy na południe, który przekraczał tu Brdę. W 1570 roku stała w Męcikale karczma królewska, a w 1648 roku mieszkańcy płacili czynsze od czterech karczem i jednej zagrody. W 1868 roku dawna osada karczmarska była już dużą wsią z 212 mieszkańcami i 64 budynkami, z których 24 były mieszkalne. W 1898 roku odbyła się tu manifestacja przeciw germanizacji.
W czasie II wojny światowej w okolicznych borach działali partyzanci „Gryfa Pomorskiego”. W Męcikale mieszkał wtedy Henryk Grabosz, od stycznia 1944 roku komendant Oddziału Specjalnego nr 3 „Cis”. Walczył o bunkier „Zielony Pałac” 21 i 22 marca 1944 roku. Walkę o bunkier upamiętniają pomnik przy drodze we wsi oraz tablica, kamień i krzyż przy jego resztkach, około 4 km od Męcikału. W czasie wojny Niemcy spalili całą wieś, a mieszkańcy schronili się nad jeziorkiem Moczadło. Ogień rozprzestrzenił się szybko, bo zabudowania były drewniane i kryte papą albo strzechą. Po wojnie domy postawiono na nowo na dawnych siedliskach.
Na prawym brzegu Brdy zachowała się drewniana zagroda, a jeden z domów, z 1936 roku, wzniesiono z podkładów kolejowych. Chałupa z Męcikału zbudowana na początku XIX wieku stoi w parku etnograficznym Muzeum Etnograficznego w Toruniu. Ma bezsłupowy podcień pod wysuniętym dachem oraz osobne izby dla dziadków i dla młodych.
