W 1290 roku książę Mściwój II nadał Lubnię jednemu ze swoich dostojników, wielkopolskiemu możnowładcy Mikołajowi Przedpełkowicowi z rodu Łodziów, który miał też okoliczne jeziora i lasy. W latach 1315-1316 Krzyżacy przejęli od niego wieś razem z tymi lasami i jeziorami. W XIV wieku Lubnia była wsią czynszową na prawie polskim; jej ziemię mierzono w płosach, a w 1400 roku było ich 16. W 1344 roku na gruntach wsi, nad Młosienicą, stanął pierwszy w okolicach Brus młyn, a w tym samym roku powstała we wsi karczma.
Lubnia od początku należała do parafii w Brusach. Po 1466 roku dominowali w niej zamożni gburowie i nigdy nie było tu majątków szlacheckich; w drugiej połowie XVI wieku była to wieś królewska w powiecie tucholskim. Z 1877 roku pochodzi przydrożna kapliczka św. Antoniego, a w 1898 roku wieś otrzymała szkołę murowaną z czerwonej cegły. W czasie okupacji mieszkańcy działali w „Gryfie Pomorskim”.
7 marca 1867 roku urodził się w Lubni ks. Konstantyn Krefft. Święcenia kapłańskie przyjął w Pelplinie 12 września 1893 roku, a doktorat zdobył we Fryburgu. Był m.in. administratorem parafii w Bytowie oraz proboszczem w Zblewie, Subkowach i Tucholi, gdzie zbudował kościół. Aresztowano go 30 września 1939 roku i osadzono w więzieniu w Kamieniu Krajeńskim, a 15 grudnia przewieziono do Stutthofu. Zmarł tam z wycieńczenia 11 czerwca 1940 roku. Znalazł się wśród 122 sług Bożych, dla których 17 września 2003 roku otwarto proces beatyfikacyjny.
