Nad południowo-zachodnim brzegiem jeziora zachowały się dwa grodziska. Skrzynkowe grodzisko na Górze Zamkowej pochodzi z późnego okresu halsztackiego epoki żelaza, a w kolistym grodzisku w Wolności ludzie mieszkali mniej więcej w VIII-X wieku. Komtur człuchowski Ludolf von Hake 3 lipca 1350 roku przeznaczył folwark zakonu pod 60 ogrodów, każdy o powierzchni 10 morgów. W 1368 roku komtur tucholski Henryk von Thaba przekazał karczmę Mikołajowi Rutcherinowi, a rejestr zakonny z 1420 roku wymienia tu folwark rybacki.
W drugiej połowie XVI wieku wieś była królewszczyzną w starostwie człuchowskim i miała młyn. Około 1630 roku na podstawie przywileju Joanny Katarzyny Radziwiłłówny Leszczyńskiej, żony podkanclerzego koronnego Bogusława Leszczyńskiego, założono tu papiernię chojnicką. Po potopie szwedzkim lustracja z 1664 roku doliczyła się 5 zagrodników (wcześniej było ich 17) i zniszczonej karczmy. Inwentarze z 1676 i 1753 roku podają, że mieszkańcy żyli głównie z połowu ryb na Jeziorze Charzykowskim i siedmiu innych jeziorach.
Przed I wojną światową wieś stała się letniskiem z pensjonatami i willami zamożnych chojniczan. W 1919 roku Otton Weiland założył w Charzykowach Stowarzyszenie Przyjaciół Żeglarstwa, a w 1922 roku Chojnicki Klub Żeglarski, który uważa się za zaczątek żeglarstwa śródlądowego w Polsce. Weiland skonstruował też pierwsze polskie bojery, nazywane „weilandami”. Na jeziorze odbywały się regaty, w latach 1925-1927 mistrzostwa Polski w żeglarstwie, a w 1928 roku mistrzostwa w bojerach.
W 1940 roku niemiecka administracja wydzieliła obwód urzędowy Charzykowy (Amtsbezirk Müskendorf), który w 1944 roku połączono z gminą Chojnice. W lutym 1945 roku wieś zajęły wojska 2 Frontu Białoruskiego. Po wojnie klub wznowił działalność, a w kwietniu 1945 roku jego prezesem został znów Weiland. W 1950 roku z powodów politycznych klub rozwiązano, a jego sprzęt przejął Kolejowy Klub Sportowy „Kolejarz”. Chojnicki Klub Żeglarski utworzono ponownie w 1970 roku. W latach 1950-1954 Charzykowy były osiedlem w granicach Chojnic. Z osady rolników i rybaków stały się miejscowością wczasową; w 1979 roku utworzono tu parafię.
