18 października 1328 roku Werner von Orseln, wielki mistrz zakonu krzyżackiego, przekazał Januszowi, sędziemu ziemskiemu ze Świecia, dobra w Siemkowie. W tym przywileju wymieniono również Lniano jako Medio Lini, własność rycerską na prawie polskim. W XIV i na początku XV wieku osadę zapisywano jako Alde Elian; w 1402 roku liczyła 20 łanów, a w latach 1437-1438 stała się własnością zakonu i otrzymała prawo sołeckie.
Nazwa zmieniała się w dokumentach: w 1415 roku zapisano ją jako Ylwen, w 1430 roku jako Ylven, a do 1534 roku przybrała postać Lnyano, później Lnanio. Możliwe, że wywodzi się od słowa „len”. W 1415 roku po raz pierwszy wspomniano sąsiednią osadę zakonną Elian, utożsamianą z Lniankiem.
Po pokoju toruńskim z 1466 roku Lniano weszło razem z Błądzimiem i Wętfiem w skład starostwa świeckiego, czyli dóbr królewskich. Po niemiecku wieś nazywała się Lianno, a w latach 1942-1945 Linne. Od 1954 do 1972 roku była siedzibą gromady Lniano. Przy ulicy Wyzwolenia rośnie lipa drobnolistna, którą w 2005 roku uznano za pomnik przyrody.
