Pierwszy zapis o wsi pochodzi z 1275 roku: dwaj krewni z Konarzyn należący do stanu rycerskiego, Myślibór i Stanoch Małowy, uczestniczyli w wyznaczaniu granic ziem, które Mściwoj II nadał augustianom ze Swornegaci. W 1326 roku wielki mistrz krzyżacki Werner von Orseln potwierdził, że Konarzyny i Sąpolno po śmierci ojca należą do Mirosława i jego braci. Dobra otrzymali na prawie chełmińskim, razem z patronatem nad kościołem i obowiązkiem konnej służby w czasie wojny.
Od nazwy wsi jej właściciele przyjęli nazwisko Konarskich. W drugiej połowie XVI wieku do Konarskich należały Konarzynki, połowa Konarzyn i większa część Sąpolna, a druga połowa wsi była w rękach Będzimirowskich i Pawłowskich. W 1662 roku część Konarzyn kupił Jan Piotr Tuchołka, a w 1682 roku miał już w rękach Konarzyny Wielkie i Małe. Drewniany kościół z 1653 roku spłonął na początku XVIII wieku, a murowany kościół św. Piotra i Pawła postawił w latach 1731-1744 podkomorzy malborski Piotr Tuchołka. W 1764 roku wnuk Jana Piotra sprzedał Konarzyny i Sąpolno Michałowi Skórzewskiemu.
6 grudnia 1918 roku w Konarzynach zawiązała się Rada Ludowa powiatu człuchowskiego, której przewodniczył miejscowy proboszcz Alfons Schulz. Niemieckie władze trzymały go od 25 stycznia do 24 marca 1919 roku w areszcie sądowym. Granica wytyczona w 1920 roku zostawiła Konarzyny, Żychce i Ciecholewy po polskiej stronie, ale droga do Chojnic przez 5 km biegła przez Niemcy. 16 października 1932 roku przy kościele, na cokole po pomniku cesarza Wilhelma, odsłonięto pomnik Józefa Piłsudskiego.
1 września 1939 roku polscy strażnicy graniczni pod dowództwem porucznika Piotra Marciniaka walczyli koło wsi do 10 rano, a potem wycofali się do Swornegaci i Małych Swornegaci; Marciniak trafił w 1944 roku do KL Stutthof, gdzie prawdopodobnie zmarł. 1 października 1944 roku niemiecka administracja zniosła gminę Konarzyny, a jej obszar poza Konarzynami i kilkoma sąsiednimi osadami przeznaczono na poligon. 28 lutego 1945 roku do Konarzyn weszły oddziały 70 Armii radzieckiej.
